由於地面水產養殖漁業設施結合綠能設施可能影響養殖漁民的生產模式，本部水試所自107年起陸續進行文蛤及各種魚種結合光電之試驗，確保養殖漁業設施與綠能設施能夠相結合。依據本部主管之「申請農業用地作農業設施容許使用審查辦法」（以下簡稱容許辦法）第7條規定，「所有農業設施總面積，不得超過申請設施所坐落之農業用地土地面積之百分之四十」。
另依容許辦法第29條第2項規定，本部漁業署已公告「農業部養殖漁業經營結合綠能設施專案計畫審查作業要點」，協助直轄市、縣（市）政府據以擬具地面型綠能設施專案計畫送本部審查，劃定可設置之區位與計畫措施。經本部審查通過之專案計畫，申請人於計畫範圍內、並符合計畫措施者，始得依容許辦法第4條規定提出申請，填具申請書、檢附相關文件，並於經營計畫敘明農業經營與綠能設施之結合情形，向土地所在地之直轄市、縣（市）主管機關申請容許使用。
1.養殖魚塭水域屬農業用地之範疇，應以農業經營生產為主，其設置太陽能光電設施在與養殖經營相結合且不影響養殖漁業生產下，得依據「申請農業用地作農業設施容許使用審查辦法」第29條規定，申請設置綠能設施；其設置後仍應從事養殖生產，並由直轄市、縣（市）農業主管機關查核其養殖生產情形。
2.埤塘水域設置太陽能光電設施，因該土地編定為水利用地，該水域無從事養殖及農業生產，以蓄水、防洪、農田灌溉為目的；其申請設置太陽能光電設施等再生能源設施，應依據「非都市土地管制規則」第6條附表1規定，應依水利機關法規之使用許可規定辦理，並確保蓄水、供水及防洪等功能不受影響。
考量到養殖池的面積通常較大，實務上經常橫跨多筆地號之土地，且漁業經營具有不可分性，因此即便綠能設施實際僅坐落於該魚塭內的部分地號土地上，其地面型綠能設施的總建置面積可合併計算，惟總上限之規範不變，不得超過該養殖池所占用的所有地號土地總面積之40%。
依據「申請農業用地作農業設施容許使用審查辦法」第29條，申設與農業經營相結合之地面型綠能設施，應以整筆農業用地規劃配置，且綠能設施總面積不得超過申請設施坐落之農業用地土地面積40%。以點狀方式施作之地面型綠能設施於地面上所保留之間隔範圍（即維運通道），倘未鋪設固定基礎之水泥建造物，不計入綠能設施之興建面積。
為防止漁電共生案場背離「農業為本、綠能加值」的原則，本部已明確將許多不符養殖實務的規劃列為「明顯不合理與不符合必要性之樣態」，例如：養殖設施的蓄水池面積占比達35%以上、綠能設施之附屬設施（變電箱、電桿）的面積與數量逾越必要範圍、養殖經營計畫未符合普遍的經濟效益等。
可以。若養殖者因市場營運等因素欲變更養殖的物種，必須向地方農業主管機關「申請變更養殖經營計畫」；若未經變更程序私自更換養殖物種，稽查人員到場時仍會以原養殖物種之產量作為查核標準，並將被認定為「未依計畫內容使用」而面臨容許使用許可被廢止的情形。